Il traverse 4 régions :
Bourgogne-Franche-Comté, Alsace-Champagne-Ardenne-Lorraine, Ile de France (sur 218 kilomètres), Normandie.
(en passant par 14 départements et 164 communes).
Nota : le Seine devrait son nom à la déesse Sequana, adorée à la source du fleuve par les romains.
(entre Paris et la mer : 325 km, et entre Rouen et la mer : 125 km)
Bassin hydrographique : 79 000 km² (intéresse près de 30 % de la population du pays).
Débit moyen : 375m3·s-1 (mini à Paris : 75, max : 2500) et 563 m3·s-1 (au Havre).
Les derniers kilomètres du fleuve sont bordés de marais dont le rôle écologique est primordial, tant pour les oiseaux que pour les poissons et les espèces littorales.
Nota : l'Yonne et la Seine auraient été considérées comme jumelles, seul le cours supérieur ayant été appelé Seine après transcription par César du mot latin Sicauna en Sequana. On y retrouve le nom de l'Yonne : Icauna ou Icaonna (le nom de Seine pourrait donc être un diminutif du nom de l'Yonne !).
Par ailleurs, à la confluence, le débit de l'Yonne serait supérieur à celui de la Seine, bien que celle-ci soit 1,75 fois plus longue !
Cette situation se rencontre aussi entre la Saône et le Doubs.
(d'ou une certaine polémique...).
Pollution.
La situation au niveau de la pollution s'est améliorée depuis la fin des années 1960, mais la Seine est toujours pollué, surtout aux polychlorobiphényle (PCB).
Le bassin de la Seine concentre 40 % de la production industrielle française et l'agriculture intensive occupe 60 % de la surface du bassin, avec pour résultat un fleuve dont le débit est parfois constitué à moitié d'eaux usées. Actuellement, la qualité des eaux s'améliore de manière continue, surtout à Paris, qui abrite vingt espèces endémique de poissons. Cependant les taux en azote sont toujours trop élevés, 66 % de la pollution provenant de l'agriculture, et la pollution par les nitrates et pesticides augmente, là aussi à cause de l'agriculture. Une autre pollution est liée aux eaux de pluie qui entraînent des polluants des zones urbaines : celles de Paris représentent à elles seules l'équivalent de tous les rejets des autres municipalités du bassin.
La Seine reste cependant le fleuve européen le plus pollué aux PCB depuis vingt ans.
Toxiques, les PCB s'accumulent dans les lipides tout le long de la chaîne alimentaire. D'après des analyses effectuées par l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) depuis 2008, 70 % des espèces de poissons sont impropres à la consommation à cause d'une contamination aux PCB. L'usage des PCB est interdit depuis 1987 mais, très utilisés dans les années 70, ils se sont accumulés dans l'environnement.
L'association Robin des Bois dénonce une absence de réglementation au niveau de la pêche afin de protéger la population d'une consommation à Paris, dans le Val-de-Marne, les Hauts-de-Seine et les Yvelines. Cette pollution aux PCB est étendue jusqu'à la baie de Seine où la pêche à la sardine a été interdite en 2010.
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